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核酸分析

核酸分析(genomics)涉及DNA或RNA的分离和表征,用于基因分型、基因表达分析、表观遗传学分析、微生物组学研究等。核酸分析的基础实验方法包括核酸提取和纯化、DNA/RNA定量、PCR、分子bob娱乐平台下载克隆和测序。

核酸分析导论

DNA和RNA的纯化、定量和扩增是许多实验室程序中广泛应用的常用方法。从培养细胞、动植物组织、细菌、体液和其他类型的样本中提取高质量的核酸是大多数基因组分析实验的关键第一步。如果提取的DNA质量很差,所有的下游步骤都会受到影响。bob娱乐平台下载

在核酸提取和纯化过程中,样品通过一系列常见的操作进行:细胞裂解、清除、核酸结合、清洗和洗脱纯化的DNA或RNA。提取的核酸的纯度和产量是在下游应用(如PCR和测序)中获得最佳性能的关键因素。bob娱乐平台下载

核酸纯化方法可被设计用于分离大范围样本的DNA或RNA,或对单个样本类型具有特异性。大多数DNA纯化试剂盒可以处理多种类型的样品,但方案变化较小,以确保起始材料的完全裂解。对于含有降解DNA或具有低浓度靶核酸的更具挑战性的样品类型,可能需要专门的纯化试剂盒。具有挑战性的样本类型包括福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织样本、含有循环无细胞DNA的血浆或血清、法医样本或样本数量有限的任何来源。

一旦核酸被纯化,大多数下游分析都需要在开始之前对DNA或RNA进行定量。核酸定量方法包括荧光DNA或RNA结合染料的测定、260nm波长的吸光度测定和qPCR。核酸纯度也提供了一个决定点,以进行下游分析或不基于260/230nm或260/280nm的比率。

实时定量PCR(qPCR)是一种标准的核酸分析工具,用于检测和量化基因表达,以及检测特定的DNA序列,包括突变。标准终点PCR和RT-PCR用于检测和扩增特定的DNA序列,以便进一步操作,包括测序分析。

克隆方法包括限制性酶切、亚克隆、PCR克隆和细菌细胞转化等,在分子生物学实验室中仍有广泛的应用。这些经典的核酸遗传操作方法仍然是基因组分析的重要工具。

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